除了菜農較為關心的蔬菜大棚造價外，另一個較為關心的就是施肥問題，蔬菜大棚是通過塑料薄膜覆蓋保暖與防雨，在蔬菜的栽培有著很大優勢，大棚溫度高，蔬菜作物生長期長，產量高，需肥量大，因此，大棚蔬菜栽培施肥量普遍較露地高。但大棚栽培有其特殊性，棚內是一個相對密閉的環境，施肥后揮發性的成分會在棚內影響作物的生長，另一個重要的問題是大棚土壤易發生鹽類積聚，次生鹽債化。因此蔬菜大棚中施肥應遵循以下原則。

    基肥為主，追肥為輔，一般而言，基肥比例應占總施肥量的60%，但磷肥效期長，比例可以稍大，70%的磷肥應作為基肥施用。鉀肥主要供生育后期，追肥施用量可以少些，40%即可。優質農家肥、堆廄肥用量一般每畝施用量不超過5噸為宜。

    多施有機肥。蔬菜大棚施肥應以有機肥為主，可以改善土壤物理性狀，也可補充各種微量元素，還可增加土壤有機質，提高保肥保水能力和對養分酸堿度的緩沖力。同時，有機肥是慢性長效肥，可以在整個生育期不斷供給，當作物吸收盛期只靠追肥是不行的，況且追肥一時太多，反而造成危害，影響作物正常生育。餅肥之類也可以作為基肥施用，分解慢，安全性高，但在低溫條件下栽培時分解很慢，肥效很遲。